Schröder und Jüttner wurden beide 1986 erstmals in den Landtag gewählt. Als Schröder 1990 nach seiner Wahl zum Ministerpräsidenten keine Zeit für die Parteiarbeit mehr fand, führte Jüttner 1990 drei Jahre lang dessen Geschäfte als hannoverscher SPD-Bezirkschef. Anschließend durfte er dann Schröder im Vorsitz des größten niedersächsischen SPD-Bezirks Hannover nachfolgen. Den führt er heute noch.
Erst nach Schröders drittem Wahlerfolg in Niedersachsen wurde Jüttner im März 1998 als Umweltminister in dessen Landeskabinett berufen. Unter den SPD-Ministerpräsidenten Gerhard Glogowski und Sigmar Gabriel blieb er bis März 2003 Umweltminister. 1999 scheiterte ein erster Versuch, selbst Ministerpräsident zu werden. Der SPD-Landesvorstand schlug seinerzeit nach einer Kampfabstimmung Gabriel statt Jüttner zum Nachfolger des über eine Affäre gestürzten Glogowski vor.