Auch Transportflüge der Bundeswehr durch russischen Luftraum zur Versorgung der Truppen in Afghanistan sind nicht von der Krise zwischen Moskau und der Nato betroffen. Der Generalstab in Moskau teilte mit, die Afghanistan-Kooperation mit Brüssel stehe derzeit nicht zur Diskussion. Russlands Außenminister Sergej Lawrow sagte, man wolle die Tür zur Nato nicht «ganz zuwerfen», da beide aufeinander angewiesen seien. Nach den Worten des russischen Botschafters bei der Nato, Dmitri Rogosin, ist die Lage in Afghanistan von höchstem nationalen Interesse. «Uns käme eine Niederlage der Nato in Afghanistan nicht gelegen», sagte Rogosin der Zeitung «Iswestija».
Russland will nach Angaben aus Militärkreisen sämtliche für 2008 geplanten Veranstaltungen mit dem Verteidigungsbündnis, darunter Manöver, aussetzen. Rogosin sagte, er rechne aber nicht mit einem völligen Abbruch der Kontakte.
Im April hatten sich Russland und die Nato über den Transport militärischer Güter mit Ausnahme von Waffen durch russisches Gebiet nach Afghanistan geeinigt. Der Transport mit der Bahn scheiterte in der Vergangenheit aber an der fehlenden Zustimmung aus der zentralasiatischen Republik Turkmenistan.