Diese Patente sollen die einer Software zugrunde liegende technische Idee schützen. Dies würde eine erhebliche Erweiterung des erst jüngst erweiterten Urheberrechts, das den Code eines Programms schützt, nach sich ziehen. Die Gegner der Software-Patente kritisieren, dass damit eine bereits patentierte Lösung nicht mehr verbessert werden könne.

Software-Patente beträfen nicht zuletzt den Bereich der Open-Source-Produkte. Diese Software wird grundsätzlich mit einem für alle ersichtlichen Quellcode veröffentlicht. Jeder interessierte Programmierer kann den Quellcode, unter Einhaltung bestimmter Lizenzbedingungen, weiter entwickeln.

Nach Angaben des FFII sind seit 1973 bereits 30.000 Patente auf Software-Lösungen bei europäischen Patentamtämtern angemeldet worden. In vielen Fällen handele es sich dabei jedoch um so genannte «Trivialpatente», die in keiner Weise schutzwürdig seien. Die Kritiker befürchten, dass künftig bei der Verwendung gängiger und relativ einfacher Software-Bestandteile wie einem «Fortschrittsbalken» Lizenzgebühren an Patentinhaber fällig werden.